Misrning tarixiy davri Masih tug'ilishidan oldingi uchinchi va to'rtinchi ming yilliklar boshida boshlangan. Bosqinchilar va ichki qo'zg'olonlar ta'sirida bo'lgan qadimiy madaniy an'ana eramizning IV asrida nasroniylik qabul qilingunga qadar davom etdi. Deyarli uch yarim ming yil davomida Misr xudolarining ro'yxati va funktsiyalari sezilarli o'zgarishlarga duch keldi. Misr xudolari o'z qo'shnilari - ossuriyaliklar, xettlar, giksoslar, ellinlarga xos xususiyatlar va nomlarni oldilar.
Misr yagona hukmdor hukmronligi ostida birlashgandan soʻng mamlakatning alohida hududlari va qabilalarining koʻplab xudolari umumiy panteonga kirishdi, lekin ularning koʻpchiligi faqat oʻz kulti paydo boʻlgan muhitda hurmatga sazovor boʻldi. Ba'zi xudolar asta-sekin umumiy Misr ma'nosiga ega bo'ldilar. Mushukning boshi bo'lgan ma'buda Bastet, shubhasiz, sichqonlardan olingan don zahiralarining qo'riqchisi sifatida mushuklarni hurmat qilish kultidan o'sgan. Misrda qishloq xo'jaligi katta rol o'ynaganroli, masalan, Hellasdan farqli o'laroq, asosan savdo va harbiy istilolar tufayli ko'tarildi. Antropomorfik Misr xudolariga ko'pincha hayvonning boshi berilgan, buning asosida u yoki bu kult paydo bo'lgan. Masalan, Thoth xudosining boshi ibisning, ma'buda Sokhmetning (Sekhmet) sherning, Anubisning boshi itning boshi bo'lgan.
Mamlakatning ma'lum hududlari yuksalishi bilan sulolalar almashdi yoki poytaxtning yangi joyga "ko'chirilishi" sodir bo'ldi, Misrning "birinchi eshelon" xudolari ham o'zgardi. Qadimgi Misr dinining qiziqarli xususiyati ko'p sonli kosmogonik miflarning (ya'ni dunyoning paydo bo'lishining versiyalarining) mavjudligi edi va har bir joyda mahalliy xudo bu qiyin masalada asosiy rol o'ynagan.
Mahalliy separatizm uchun asos boʻlgan juda koʻp sonli Misr xudolari, shubhasiz, bitta davlatga kerak emas edi. Bundan tashqari, ko'plab kultlar katta miqdordagi moddiy resurslarni sarflashni talab qildi, bu esa mamlakatning ichki tuzilishiga, armiyani saqlashga va hokazolarga katta foyda keltirishi mumkin edi. Katta boylik va ta'sirga ega bo'lgan ruhoniy urug'lar fir'avnning yagona hokimiyatiga bevosita tahdid solgan.
Hammasi hisobga olinsa, Fir'avn Amenxotep IV, Akhenaton nomini olib, kichik mintaqaviy xudo Aton (ilohiylashtirilgan quyosh diski) dinini Misrning umumiy dini sifatida kiritadi. Ammo an'ananing inertsiyasi juda kuchli edi va Akhenaten qirq yoshga to'lmasdan vafot etdi. Eng ishonchli versiyaga ko'ra, u shunday edizaharlangan. To'g'ri, ta'qiblar oilaga tegmadi va uning rafiqasi (mashhur Nefertiti) eri vafotidan keyin ko'p yillar o'tib tirik qoldi.
Mamlakat Fors va keyinroq ellinlar tomonidan bosib olingandan keyin Misr xudolari va ma'budalari asta-sekin o'zlarining avvalgi ta'sirini yo'qota boshlaydilar, tanazzulga yuz tutadilar. Ular bosqinchilarning xudolari bilan birlashadilar. Masalan, Iskandar Zulqarnayn Misrda sinkretik misrlik-ellinistik xudo Zevs-Amonning o‘g‘li sifatida hurmatga sazovor bo‘lgan.
Ismlari ham mahalliy, ham aralash kelib chiqishi boʻlgan Misr xudolari oʻz oʻrnini yangi din - nasroniylikka boʻshata boshlaganlarida, asta-sekin qadimgi Misr yozuvining unutilishi boshlandi. Imperator Konstantin hukmronligi davrida Misr diniy an'analarining so'nggi tashuvchisi vafot etdi, shundan so'ng ko'p asrlar davomida qadimgi Misr xudolarining nomlari faqat yunon va rim tarixchilarining yozuvlaridan ma'lum bo'lgan. Ammo ularning ikkalasi ham Misr madaniyati bilan u allaqachon pasayib borayotgan bir paytda tanishgan va ruhoniylar begona odamlarni (ko'pincha tajovuzkorlarni) o'z dinlari sirlariga kirishgan bo'lishi dargumon.
Qadimgi ierogliflarni ochishga urinishlar arab olimlari ham, yevropaliklar tomonidan ham bir necha bor qilingan, ammo hech qanday natija bermagan. Va faqat o'n to'qqizinchi asrning boshlarida, ajoyib tilshunos Fransua Shampollion Misr matnlarini ochish kalitini topishga muvaffaq bo'ldi. Shu paytdan boshlab Qadimgi Misr tarixi va madaniyatini o'rganishning zamonaviy davri boshlandi.
